Заповедное дело России второй половины XX века неразрывно связано с именем Ф.Р. Штильмарка.
Основываясь на положениях отечественных учёных, посвятивших свои жизни делу охраны природы и почти забытых к началу 50-х гг., Феликс Робертович обосновал научные принципы заповедания, дал чёткое определение заповедности, создав таким образом теорию заповедного дела, скромно подчёркивая при этом, что он только продолжает дело своих великих предшественников, почти не привнося ничего нового. Действительно, заслуга его велика в том, что, тщательно изучая архивы, он возродил наше заповедное дело и дал ему новое развитие.
Подробнее о теории: наука, биосферные, туризм и др. несвойственные формы деятельности, заповедники в разных природных зонах. Таким образом, охвачены чуть ли не все вопросы устройства и деятельности заповедников и их систем.
Внёс он и огромный практический вклад. Его энергия, неравнодушие, накопленные знания, умение общаться с людьми содействовали восстановлению некоторых заповедников, уничтоженных в 1951 г., созданию новых в различных ландшафтных зонах. Можно смело утверждать, что около 20 заповедников возникли только благодаря его личным усилиям. «…Предложение о создании нового заповедника или даже его научное обоснование – лишь самый первый этап, за которым должна следовать большая организационная работа: необходимо обследовать территорию проектируемого заповедника – выявить предполагаемые границы, уточнить современное состояние наиболее ценных природных объектов, оценить реальные возможности и пути их охраны в настоящем и будущем. Далее предстоит рассчитать, какие средства необходимы для работы заповедника, каким будет его штат, где разместятся центральная усадьба и кордоны, как будет обеспечена охрана лесов от пожаров. Но самое сложное – юридическое оформление, составление землеустроительного дела. Необходимо собрать отзывы и заключения всех ведомств и организаций, заинтересованных в каком-либо хозяйственном использовании намечаемой под заповедник территории, провести серию специальных совещаний, на которых обсуждаются все эти вопросы, подготовить детальные картографические материалы. Соединенные вместе в один или несколько увесистых томов, все эти бумаги и документы представят собой проект организации нового заповедника…» (из дневника Ф.Р.).
Феликс Робертович участвовал во всех этапах создания каждого нового заповедника, непременно сам обследовал территории, предназначенные для заповедания.
Создавались заповедники согласно «Генеральной схеме рационального размещения на территории РСФСР государственных заповедников, заказников, лесоохотничьих, охотничьих и промысловых хозяйств на период до 1990 года» (утверждена Госпланом РСФСР 2 ноября 1979 г. и внесена в государственный план развития народного хозяйства). Эта сложная и трудоёмкая работа (создание схемы по заданию Госплана) тоже благодаря активному личному участию Ф. Р. Штильмарка была выполнена за очень короткий срок, получила высокую оценку специалистов, удостоена наград ВДНХ СССР. Более половины из намечаемых вариантов, к сожалению, не осуществлены, остались только на бумаге, тем не менее к концу 2000 г. в Российской Федерации было 100 природных заповедников, суммарная площадь заповедных территорий составляла 33,5 млн. га – около 2 % всей территории страны (на 1 января 1952 г. их оставалось 20 с общей площадью – 802, 5 тыс. га).
Опубликованные Ф. Р. Штильмарком «Практические руководства по проектированию заповедников» получили признание среди специалистов.
Как научный редактор книги американского историка Д. Уинера «Экология в советской России – архипелаг свободы: заповедники и охрана природы» (М.: Прогресс, 1991) Ф.Р. Штильмарк получил известность и за рубежом. Правда, и до этого некоторые его теоретические работы были опубликованы на английском языке в научных журналах США и Англии. Оказывая Д. Уинеру конкретную помощь в подготовке его книги, Феликс Робертович ощущал немалую горечь оттого, что историей нашей охраны природы занимается иностранный учёный – сможет ли он понять всю сложность российской действительности? – «…как высокая идея заповедания с научными целями была искажена социалистической государственной системой и разного рода «прометейцами», осуществлявшими конкретные задачи материалистического плана, превратившими подлинное заповедание в «заповедное хозяйство» или в советское научно-исследовательское учреждение низшего разряда» (из книги Ф.Р. Штильмарка «Историография…», с. 311).
Начавшаяся в стране «перестройка», отменившая строжайшую цензуру (прежние непременные требования редакций – убрать все негативные высказывания по поводу использования или охраны природы), вдохновила Феликса Робертовича на создание собственной книги об истории наших заповедников. Российское представительство Фонда Макартуров оказало финансовую поддержку, началась серьёзная, кропотливая работа, и в 1996 г. книга «Историография российских заповедников (1895–1995)» увидела свет. Позднее она была представлена как докторская диссертация. Автореферат, написанный на её основе, назывался «Анализ эволюции системы государственных заповедников Российской Федерации».