Джецун Таранатха обрел рождение в Караге в 1575 году в роду великого тибетского переводчика Ра Лоцавы Дордже Драга. При рождении ему было дано имя Кунга Ньингпо. В возрасте одного года он заявил:
Я – мастер Кунга Дролчог.
Но это несколько лет держали в тайне, и только в возрасте четырех лет его привезли в монастырь Кунги Дролчога – Чолунг Джангце, где он был официально признан его воплощением. Затем начались годы интенсивного обучения и практики под руководством великих мастеров, многие из которых были учениками Кунги Дролчога.
Под руководством Джампа Лхундруба Таранатха изучал и осваивал различные дисциплины сутры и тантры. От Доринга Кунги Гьялцена он получил множество тантрических учений и посвящений, главным образом традиции Сакья раздела ламдре. Драгтопа Лхаванг Драгпа передал Таранатхе много тайных наставлений, в том числе шесть йог и махамудру, в результате чего в уме юного Таранатхи возникло высшее изначальное осознавание. Джедрунг Кунга Палзанг, племянник Кунги Дролчога, унаследовавший монастырский комплекс Джонанг, передал Таранатхе учения Калачакры и защитника Дхармы Махакалы, которые получил от дяди. От Лунгрига Гьямцо Таранатха получил множество передач, в том числе посвящение и объяснение Калачакра-тантры, тайные наставления по шести йогам Калачакры согласно традиции Джонанг и собрание сочинений всеведущего Долпопы Шераба Гьялцена. После чего Таранатха достиг высших результатов в практике шести йог.
Когда Таранатхе было четырнадцать лет, в Тибет прибыл индийский йогин Буддагуптанатха, впоследствии ставший одним из основных учителей Таранатхи. Сам Таранатха говорил, что своим пониманием учений Тайной мантры обязан лишь доброте Буддагуптанатхи. В те времена Тибет посещали и другие буддийские и небуддийские индийские йогины и ученые, такие как Балабхадра, Нирванашри, Пурнананда, Пурнаваджра, Кришнабхадра и другие. Некоторые из них даровали Таранатхе глубинные наставления, обучили его науке и перевели вместе с ним на тибетский язык санскритские рукописи. Часть переводов Таранатхи включена в тибетские канонические собрания кангьюра и тенгьюра.
В 1588 году Джедрунг Кунга Палзанг передал Таранатхе трон держателя традиции Джонанг, хотя официальная церемония возведения состоялась только в 1595. Таранатха принял на себя ответственность возрождения и распространения глубинных учений всеведущего Долпопы. Он был полон решимости защитить от опасности исчезновения бесценную линию передачи.
Хотя в то время в Джонанге пользовались руководством по практике шести йог Калачакры, составленным учеником сердца Долпопы, Чогле Намгьялом (1306–1386), лишь немногие понимали глубину философских взглядов Долпопы и его духовных сыновей. Таранатха считал изложенное Долпопой воззрение жентонг тайным, глубинным учением всех будд и бодхисаттв. Хотя сам Таранатха не признавал какой бы то ни было возможности опровергать другую философскую систему, он чувствовал потребность защитить истинные взгляды Долпопы путем опровержения ошибочных воззрений и утвердить правильное толкование согласно линии преемственности Долпопы.
В тот период учитель Таранатхи, Джампа Лхундруб, посоветовал ему восстановить большую ступу Джонанг Кумбум, построенную Долпопой около 260 лет назад. Таранатха с большим усердием приступил к этому проекту.
Однажды утром перед окончанием реставрационных работ у него возникло чудесное видение: земля и небо были заполнены бессчетным множеством людей, которые двигались в одном направлении. Вместе с ними он пришел в красную треугольную долину, в центре которой находилась невероятно красивая хрустальная гора. Гора была наполнена ступами различных размеров, и в каждой из них бессчетное множество будд и бодхисаттв проповедовали Дхарму. С неба падали цветы, и возникали другие чудесные знамения. Все люди совершали подношения хрустальной горе и в унисон повторяли молитвы. Исполнившись благоговения, Таранатха спросил, что это за гора, и получил ответ, что это ступа Дханьякатака, где Будда впервые даровал Калачакра-тантру. Позже Таранатха пришел к выводу, что это видение было обусловлено интенсивной работой многих людей над восстановлением ступы Джонанг Кумбум.