Родился Евгений 28 февраля 1834 г. в семье священника Евсигния Феодоровича Пескова1 в богатом селе Матвееве глухого Кологривского уезда Костромской губернии. Отец выбрал ему фамилию в честь не только знаменитого земляка академического философа Федора Александровича Голубинского2, но и его младшего брата Евгения, бывшего приятелем отца по семинарии. Не исключено, что и имя сыну отец дал в честь друга.
Грамота давалась историку легко. Он вспоминал, что отец учил его по знаменитой в то время среди священников книге «Путь к спасению» Феодора Эмина. «Красноречие книги, состоящей из восьми размышлений, первое из которых начинается словами: „Опомнись, в светских роскошах погруженная душа моя!“ – приводило в восхищение нас обоих – и отца, и меня»3. Дед по отцу – священник села Успенье-Нейское Федор Никитич Беляев хвалил резвого мальчика, приговаривая: «Ты будешь у меня академистом»4.
В восемь лет Евгений потерял мать Анну Козьминичну, смерть которой сильно повлияла на него: из мальчика резвого он сделался замкнутым и нелюдимым, стал чуждаться сверстников и игр5.
В 1843 г. Голубинского отвезли в Солигаличское училище, где, по мнению отца, «лучше учили и секли». Там по традиции ему сразу дали прозвище – «медведь». Эти годы известны нам только из «Воспоминаний» и примечательны усердным учением подростка. Успехи Евгения в греческом языке привели однажды П. Н. Альбова, преподававшего краткий катехизис, в такой восторг, что он пообещал ему великую будущность.
В последнем классе духовного училища из семинарии пришло предписание отобрать у всех учеников произвольные фамилии и восстановить старые, отцовские, но для Евгения, очевидно, за его успехи, сделали исключение – ему была оставлена громкая фамилия, и он с честью пронес ее до конца жизни, став ординарным академиком Академии наук и оправдав возлагавшиеся на него с детства надежды.
Об учебе историка в Костромской семинарии помимо «Воспоминаний» имеется подробный очерк Н. И. Серебрянского6, написанный на основе архива семинарии по заказу С. А. Белокурова в 1915 г. для издания в «Чтениях Императорского Общества истории и древностей Российских» (ЧОИДР).
Из профессоров на Голубинского оказал влияние преподаватель патрологии П. С. Смирнов, увлекавший семинаристов чтением святоотеческих творений. Хорошо читался и ряд других предметов – риторика, православное исповедание, философия, пастырское и нравственное богословие. Преподаватель последнего предмета – К. Ф. Бронзов был отличным проповедником.
В 1854 г. по окончании семинарии Голубинский на казенный счет был послан в Московскую духовную академию (МДА). Историк отмечает в «Воспоминаниях», что в академии профессоров слушали плохо. Исключение он делает для бакалавра Священного Писания иеромонаха Михаила Лузина, чьи лекции о Бауэре и Штраусе считались тогда выдающимися и их слушали внимательно. Оказал решающее влияние на воспитание Голубинского как ученого и его земляк профессор Александр Васильевич Горский.
