Эгвекинот расположен на берегу залива Креста Берингова моря в 32 километрах от Полярного круга на 66° 19» северной широты и 179° 07» западной долготы.
Расстояние от Эгвекинота до Магадана – 1675,5 км, до Анадыря (авиатранспортом по маршруту Эгвекинот – аэропорт Анадырь) – 228 км, до Москвы – 6097,3 км.
Сам залив представляет собой фьорд, вытянутый с юга на север на расстояние 16,2 км, шириной 1,8—4,0 км. Глубина в бухте составляет 35 метров.
Он окружен сопками, вершины которых достигают 800 метров над уровнем моря.
Общая площадь поселка составляет около 100 гектаров.
Эгвекинот расположен в зоне муссонного климата, на формирование которого оказывает влияние Берингово море.
В период ночей полной темноты не наступает.
Средняя за год температура воздуха составляет -5,3.
Зима длительная (октябрь-апрель), характеризуется неустойчивой погодой.
Самая низкая температура воздуха – 46,9 градусов – была зарегистрирована в феврале 1993 г.
Самая ранняя дата появления снежного покрова – 10 октября.
Самый холодный месяц – февраль: средняя температура его минус 19,1 градуса.
На весну приходится май с температурами около 0 градусов. Дата схода снежного покрова – первая декада июня.
Лето длится с июня по третью декаду августа.
Наиболее теплый месяц июль. Абсолютный максимум температуры зарегистрирован на уровне 26,0 в июне 1991г. и сентябре 1997г., абсолютный минимум: -46,0 в феврале 1993г.
Осень длится с третьей декады августа и весь сентябрь.
Ветра преобладают северного направления. За зимний сезон отмечается от 50 до 100 дней с метелями и от 40 до 101 дня – с поземками.