Родился 12 мая 1980 года в Москве, в семье известного священника, преподавателя Духовной Академии Александра Шаргунова.
Выпускник МГУ им М. В. Ломоносова (2002) по специальности журналист-международник.
В 1998—99 годах работал в Думской комиссии по расследованию событий осени 1993 года.
С 19 лет начал печататься в журнале «Новый мир», в котором выходила не только его проза, но и его критические статьи. С тех пор начал печататься во многих «толстых» литературных журналах.
В 21 год стал лауреатом премии «Дебют» за повесть «Малыш наказан». Свои премиальные Шаргунов перечислил на адвокатов писателя Эдуарда Лимонова, в то время сидевшего в тюрьме.
С 2003 по 2007 работал обозревателем в «Независимой газете», где вёл литературный проект «Свежая кровь», на страницах которого впервые и неоднократно печатались многие молодые писатели.
С 2012 года – главный редактор портала «Свободная пресса».
Как журналист находился в зоне боевых действий в Южной Осетии в 2008 и в Донбассе в 2014—2016 годах.
Сергей Шаргунов – лауреат премий: «Дебют», «Эврика», Государственной премии Москвы, итальянских премий «Arcobaleno» и «Москва-Пенне», Горьковской литературной премии, историко-литературной премии «Александр Невский», дважды финалист премии «Национальный бестселлер».
Книги Сергея Шаргунова переведены на итальянский, английский, французский, сербский языки.
С 5 октября 2016 года – депутат Государственной думы Федерального собрания Российской Федерации VII созыва. Своими приоритетами на этой должности называет борьбу с уничтожением образования, закрытием школ, медицинских учреждений, с отнятием детей, поддержку соотечественников.
Воспитывает сына Ивана.
– Нас окружают, – сказал парень рядом.
И сразу Илья услышал то, на что не обращал внимания.
Вкрадчиво хрустели ветки. Словно подавая сигналы.
Лес, высоченной чернотой обступавший просеку, был полон нехорошего движения.
Это была даже не просека, где они стояли, а разбитая колея с окаменелыми комьями земли, а слева и справа кто-то с треском приближался.
Хряск, хряск…
– Окружают, – сказал парень виновато. – Лучше посижу, – он быстро опустился на землю: призрак человека с призраком автомата.
